Badak sumatera merupakan jenis satwa langka yang berdasarkan IUCN statusnya Kritis [Critically Endangered] atau satu langkah menuju kepunahan di alam liar. Berdasarkan data Population and Habitat Viability Analysis (PHVA) tahun 2016, populasi satwa ini diperkirakan kurang dari 100 individu di alam. Kriteria darurat badak sumatera diberlakukan mengingat laju reproduksinya yang sangat rendah, populasi begitu sedikit, sementara ancaman kehidupannya begitu tinggi.Prioritas penyelamatan badak sumatera merupakan wujud nyata pelaksanaan Rencana Aksi Darurat [RAD] Badak Sumatera yang ditetapkan Dirjen KSDAE, Kementerian Lingkungan Hidup dan Kehutanan [KLHK] Nomor: SK.421/KSDAE/SET/KSA.2/12/2018, pada 6 Desember 2018.

Metode survei badak sumatera dapat dilaksanakan melalui pengamatan langsung maupun pengamatan tidak langsung. Pengamatan langsung dilakukan dengan cara mengamati ciri fisik dengan indra penglihatan, namun metode ini sangat sulit menemukan hasil. Metode pengamatan tidak langsung yang cukup popular dilakukan melalui kamera penjebak dan tanda satwa. Environmental DNA (eDNA) merupakan inovasi baru dalam pengamatan tidak langsung badak sumatera. eDNA adalah materi  berupa DNA yang dapat diperoleh dari suatu lingkungan tempat organisme beraktivitas atau pernah beraktivitas. Metode ini dapat menjadi metode alternatif karena memiliki keunggulan yaitu :

  • Non-Invasif : Pengambilan sampel eDNA bersifat non-invasif dan tidak memerlukan kontak langsung dengan hewan. Hal ini mengurangi stres dan gangguan pada badak.
  • Sensitivitas Tinggi : Metode eDNA dapat mendeteksi konsentrasi DNA yang sangat rendah, sehingga memungkinkan untuk mendeteksi spesies bahkan ketika keberadaan fisiknya sangat minim.
  • Cakupan area yang luas : Sampel dapat dikumpulkan dari berbagai sumber lingkungan (misalnya, badan air, tanah) untuk mencakup area yang luas, sehingga berpotensi meningkatkan peluang untuk mendeteksi badak yang sulit ditemukan.

 

Data eDNA dapat digunakan sebagai pelengkap dari data - data konvensional yang sebelumnya sudah dikumpulkan. Kelemahan dalam menggunakan metodeini adalah meskipun eDNA dapat mengkonfirmasi keberadaan suatu spesies, namun tidak dapat secara akurat mencerminkan ukuran populasi atau kelimpahan individu. DNA dapat terdegradasi dengan cepat di lingkungan karena faktor-faktor seperti suhu, radiasi UV, dan aktivitas mikroba, yang menyebabkan hasil negatif palsu atau berkurangnya akurasi. Sulit untuk mengidentifikasi sumber eDNA yang tepat (misalnya, membedakan antara spesies badak yang berbeda) kecuali jika digabungkan dengan informasi tambahan.

Deteksi eDNA badak sumatera menggunakan sampel sedimen dan sampel air kubangan aktif dan nonaktif. Kegiatan berkubang merupakan kegiatan harian yang penting bagi badak dan dilakukan sekali atau dua kali sehari, selama beberapa jam. Berkubang dilakukan untuk mendinginkan tubuh, membebaskan dari gigitan serangga, serta untuk menjaga kesehatan kulitnya. Dari aktivitas berkubang, badak dapat meninggalkan materi genetik yang dapat diidentifikasi. Jenis-jenis perilaku dan aktivitas badak pada saat berkubang, antara lain:

  •  Perilaku lokomotor, terdiri dari aktivitas berjalan ke depan, berjalan mundur, berlari ringan/lambat, menggerakan kepala, dan menggesekan cula.
  •  Perilaku sosial, terdiri dari aktivitas berlindung/melindungi, kontak fisik, dan berjalan beriringan.
  •  Perilaku berkubang, terdiri dari tetap berdiri berguling, beristirahat dan menggesekan leher.
  •  Perilaku agresif, terdiri dari menyerang, bersiap menyerang, dan berlari/mengejar.
  •  Perilaku meninggalkan kubangan.

 

Alur kerja pengambilan sampel sedimen dan sampel air kubangan di lapangan

 1. Persiapan Alat

Alat yang akan digunakan dipastikan bebas dari kontaminan DNA (steril). Sterilisasi alat menggunakan pemutih 20%, aquades dan alkohol 70%

2. Sampling dan Preservasi Sampel

Pengambilan sampel menggunakan sarung tangan dan alat yang steril. Sampel sedimen diambil 5-15 gram sedimen bagian permukaan yang disimpan dalam tabung falcon 25 mL dengan larutan preservasi (1:2). Sampel air diambil volume 250-1000 mL dipinggir atau ditengah kubangan. Air difiltrasi hingga habis atau hingga kertas filter tersumbat. Kertas filter disimpan dalam tabung 2 mL berisi larutan preservasi. Tabung diberikan kode dan disegel menggunakan parafilm. Tabung dimasukan dalam Plastik klip (ziplock) dan diberi label keterangan.

3. Penyimpanan dan Pengiriman Sampel

Kotak/wadah penyimpanan dipastikan berada dalam keadaan baik & steril. Sampel disimpan dalam suhu -20 oC atau dapat dilakukan dalam suhu ruang selama dalam perjalanan di lapangan. Dalam membawa sampel tidak overheat dan terbolak-balik. Informasi lengkap sampel ditulis dalam tallysheet.

 

 

 

Sumber : Pelatihan Pengambilan Sampel Environmental DNA (eDNA) Air Dan Sedimen Kubangan Badak Sumatera di Taman Nasional Way Kambas. Tanggal 31 Agustus 2023 s.d 01 September 2023 dengan narasumber :

  1. Hermawan, S.Hut dan drh. Diah Esti Anggraini - Balai Taman Nasional Way Kambas
  2. drh. Zulfi Arsan - Yayasan Badak Indonesia 
  3. Bertha Letizia Utami, S.Si dan Isabella Apriyani, M.A - Mochtar Riady Institute for Nanotechnology 
  4. Anastasia Hengestu dan Raisa Tatum Saka - Alumni Mahasiswa Universita Indonesia, Penelitian e-DNA Badak Sumatera di TNWK tahun 2022